Omdat Maasvlakte 2 wordt aangelegd in een gebied met beschermde natuurwaarden (de zogenaamde Voordelta) en bovendien in de buurt van andere gebieden met beschermde natuurwaarden (o.a. de Waddenzee), zijn voor diverse activiteiten die verband houden met de aanleg en ingebruikneming, vergunningen op grond van de Natuurbeschermingswet 1998 vereist. 

Het Havenbedrijf Rotterdam en de aannemer die de Maasvlakte gaat aanleggen vragen de benodigde vergunningen en concessies in de loop van 2007 aan.