Om het Project Mainportontwikkeling Rotterdam (PMR) mogelijk te maken is een procedure voor een Planologische Kernbeslissing (PKB) doorlopen. Een PKB beschrijft de globale inrichting van een bepaald gebied. In de PKB-procedure vindt besluitvorming op rijksniveau plaats over de ruimtelijke aspecten van de deelprojecten die samen het Project Mainportontwikkeling Rotterdam vormen. 

Aanvankelijk werd al in 2003 een PKB voor het Project Mainportontwikkeling Rotterdam vastgesteld. In januari 2005 constateerde de Raad van State echter onvolkomenheden in deze PKB. Opnieuw de gehele procedure doorlopen zou het project ernstig vertragen en voorbijgaan aan het bestaande draagvlak voor uitvoering van het project. Reden waarom de projectpartners destijds kozen voor herstel van de PKB vanaf het kabinetsbesluit, PKB deel 3. 

De PKB PMR 2006 is gebaseerd op de Wet op de Ruimtelijke Ordening en de Natuurbeschermingswet 1998. In de PKB is onder meer vastgelegd: 
• welke doelen met het project bereikt dienen te worden (dubbele doelstelling) 
• op welke wijze dat gebeurt (de locaties en de randvoorwaarden) 

Het PKB PMR 2006 is in december 2006 goedgekeurd en vastgesteld door de Nederlandse regering.