Het overgrote deel van het zand nodig voor de aanleg van Maasvlakte 2 zal in de Noordzee worden gewonnen (tussen 2008 en 2013). De mogelijke effecten van deze zandwinning op de natuur zijn uitgebreid onderzocht. De conclusie van het onderzoek is dat het water – tijdelijk en plaatselijk - troebeler zal worden. Dit kan effecten hebben op het voedselaanbod van een vijftal beschermde vogelsoorten. In de periode tussen 2009 en 2011 kan dit leiden tot een afname van de populatie van deze vogelsoorten. De mogelijke afname is slechts tijdelijk en aanzienlijk kleiner dan de natuurlijke fluctuatie. De populatie kan zich nadien weer volledig herstellen.