Het gebruik van Maasvlakte 2 brengt meer scheepvaart met zich mee. Extra schepen betekent extra luchtverontreiniging en dat heeft een negatieve invloed op de natuur in de duingebieden in de directe omgeving. Met name door de extra neerslag van stikstof. Dit effect is ongewenst en wordt daarom gecompenseerd. Dit gebeurt door de aanleg van nieuwe duinen  voor de kust van Delfland.